Así, tan a ojo, podría ser cualquier cosa; primero, por eliminación, comprueba todo lo que puede estar suelto en la parte del cilindro/motor que tú dices, teniendo en cuenta que con las medidas de nuestras motos, eso es casi toda la moto. Algo tan simple como que esté un poco cedido el muelle que presiona un estribo a su soporte, deja vibrar el estribo de tal manera que parece que tengas un aro hecho añicos.
No sé si sigue la costumbre de recomendar que las cuestiones de macánica se hagan en el foro mecánico.
Un saludo.