Hola Rufus, un charquito como de grande?, es por saber si se te entró agua por la tapa de encendido o te pudo llegar el agua hasta el filtro de aire. Si crees que por el filtro no te ha entrado (la toma de aire si no tienes ningún agujero o raja está alta generalmente, debajo del sillín), prueba a desmontar la tapa del encendido y secar de alguna manera el agua o quitar la humedad, lo malo es que si hay agua y lo haces con calor se oxidará alguna parte de las bobinas, pick-up, etc. Lo suyo para quitar humedad es desecar, pero eso es complicado con los medios que tenemos en casa. Haría falta para que te hagas una idea un aparato parecido a un aire acondicionado (frio), para que absorba la humedad; no se si habrá algún spray que sea seco, los hay de frio, para electrónica se usan, pero no se si como anda la proporción de humedad del gas que sale. Sécalo como buenamente puedas todo por dentro y no dejes de mirar la parte de conexiones del CDI y bobina de alta. Otro punto también puede ser la pipa de la bujía y el cable, que si han perdido el aislamiento por el tiempo con la humedad se hace mas conductor aún, y puede que pierdas la tensión por derivación.
Si crees que te ha entrado por el filtro hay algún post que habla como vaciar el agua del motor, básicamente es darle la vuelta a la moto, quitar la bujía y hacer que salga todo el agua, pero como te comento me suena que hay un post sobre el tema.
Un saludo Rufus.
